Церемония торжественного поднятия (спуска) Государственного флага Российской Федерации в МЦХШ при РАХ разработана в соответствии со Стандартом Церемонии поднятия (спуска) Государственного флага Российской Федерации, утвержденного Министром просвещения Российской Федерации 06.06.2022. Подъем Государственного флага Российской Федерации осуществляется в первый учебный день каждой учебной недели перед первым уроком. Спуск Государственного флага Российской Федерации осуществляется в конце каждой учебной недели по окончании последнего урока. Церемония поднятия (спуска) Государственного флага Российской Федерации в зданиях МЦХШ при РАХ в весенне-летний период реализуется на пришкольной территории у флагштока, в осенне-зимний – в холле. В церемонии участвуют обучающиеся-добровольцы, представители школьного самоуправления, представители педагогического коллектива и администрации МЦХШ при РАХ.